1690年末，清朝康熙帝为制止准噶尔的扩张，亲自率兵封锁噶尔丹的进攻路线，目标是位于张家口与库伦之间的乌兰布通。康熙帝指挥清军猛攻，借助火炮的强大火力，成功击退了噶尔丹的进攻，使得噶尔丹仓促逃跑。随之而来的，喀尔喀全境迅速回归喀尔喀汗的掌控之下，喀尔喀汗也正式承认了清朝的宗主地位。

　　然而，噶尔丹并未就此罢休。1695年，他重新集结力量，通过喀尔喀地区向克鲁伦河流域进发，企图挑起科尔沁的叛乱。但科尔沁人民很快向清朝报告了这一消息。1696年春，康熙帝再度亲征，亲自领导军队前往战场。同年6月，清朝将领费扬古在昭莫多地区用火炮和洋枪的组合，彻底击败了噶尔丹。虽然康熙原计划乘胜追击，但噶尔丹因突如其来的病重，最终在次年去世。

　　噶尔丹的死让准噶尔国在塔尔巴哈台的势力暂时得以维持。康熙皇帝当时已满意于对喀尔喀汗的保护权，而北京宫廷则将噶尔丹的侄子、僧格之子的儿子策妄阿拉布坦视作新盟友。然而，这位新的领袖并未安分守己，继承了噶尔丹的反清政策。在成功击败吉尔吉斯和哈萨克人的挑衅后，策妄阿拉布坦并未等到自己的西部边疆稳固，就开始了对清朝的敌对行动。1717年6月，他借西藏的宗教和政治混乱，派遣大弟策凌敦多布率军进攻西藏。经过几场激战，策凌敦多布攻占了拉萨，进入了布达拉宫，对西藏的宗教圣地进行了掠夺。这一行为引起了康熙帝的极大愤怒，康熙决心绝不允许准噶尔国的势力渗透到西藏。1718年，他命令四川的地方长官出兵西藏，虽然四川军队曾发起进攻，但在那曲却被击败，长官战死。

　　然而，康熙并未放弃，1720年，他指挥两路大军从新疆和四川夹击准噶尔。长期被准噶尔人压迫的藏民们也纷纷支持清朝，准噶尔军最终被打败，并在当年秋天仓皇撤离西藏，只留下少数兵力。与此同时，在戈壁沙漠的战斗中，准噶尔也处于困境。1715年，准噶尔军未能攻占哈密，反而在次年被清军夺取了巴里坤。随后，清军分兵两路，在吐鲁番和乌鲁木齐分别击败了准噶尔军，并在吐鲁番建立了军屯区。

　　随着这些战果，清朝的胜利似乎使得康熙帝有望彻底征服准噶尔本土，但1722年12月，康熙帝的去世改变了局势。继位后的雍正帝于1724年与策妄阿拉布坦达成议和。此后，准噶尔人趁机占领了吐鲁番，重新恢复了对清朝的攻击。1727年，策妄阿拉布坦去世，他的儿子噶尔丹策凌继位，并以更激烈的态度反对清朝。1731年，清军再次与准噶尔爆发冲突，虽然清军在巴里坤和乌鲁木齐的战斗中取得胜利，但因缺乏后援，另一支深入准噶尔腹地的队伍几乎全军覆没，不得不撤退。

　　然而，清朝并未停止进攻，1731年至1734年，清军逐渐夺回乌里雅苏台和科布多，直逼黑额尔齐斯河。1735年，雍正帝提出和谈，最终达成休战协议，双方确定了疆界分割线。此后，这一和平协议一直维持到1745年噶尔丹策凌去世。

　　1754年，准噶尔发生内乱，辉特部的王、噶尔丹策凌的女婿阿睦尔撒纳等人投降清朝，得到乾隆帝的接待和支持，帮助清军夺回固尔扎并击退达瓦齐。阿睦尔撒纳则背叛了清朝，重启了准噶尔的反叛之路，试图重建准噶尔国。1755年，清将班第因陷入准噶尔人的重围而自杀，而另一些清军则被派去攻占固尔扎。最终，阿睦尔撒纳逃亡至俄国避难。

　　随着准噶尔的彻底失败，清朝控制了整个准噶尔地区，几乎所有准噶尔的居民被杀害，其他民族的移民填补了这些空缺。1757年，喀什噶尔地区的形势急剧恶化，处于准噶尔保护下的这个伊斯兰教国家迅速变化。1758年，清军将领兆惠从伊犁进军塔里木，经过一系列围攻战后，于1759年初占领了喀什噶尔，随即将其并入大清版图。

　　这一系列的战争和政治变动标志着游牧民族的衰退以及定居民族对草原的胜利。清朝的军事优势和农耕力量使得准噶尔的弓马已不再具有优势，喀什噶尔成为了满清新的边疆。